В 1810 Аракчеев оставил военное министерство и назначен председателем департамента военных дел во вновь учреждённом тогда Государственном совете, с правом присутствовать в комитете министров и Сенате.
Во время Отечественной войны главным предметом забот Аракчеева было образование резервов и снабжение армии продовольствием, а после водворения мира доверие императора к Аракчееву возросло до того, что на него было возложено исполнение высочайших предначертаний не только по вопросам военным, но и в делах гражданского управления.
В это время особенно стала занимать Александра I мысль о военных поселениях в обширных размерах. По некоторым сведениям, Аракчеев сначала обнаруживал явное несочувствие этой мысли; но ввиду непреклонного желания государя он повёл дело круто, с беспощадной последовательностью, не стесняясь ропотом народа, насильственно отрываемого от вековых, исторически сложившихся обычаев и привычного строя жизни. Целый ряд бунтов среди военных поселян был подавлен с неумолимой строгостью; внешняя сторона поселений доведена до образцового порядка; до государя доходили лишь самые преувеличенные слухи о их благосостоянии, и многие даже из высокопоставленных лиц, или не понимая дела, или из страха перед могущественным временщиком превозносили новое учреждение непомерными похвалами.
Влияние Аракчеева на дела и могущество его продолжалось во все царствование императора Александра Павловича. Будучи влиятельнейшим вельможей, приближенным государя, Аракчеев, имея орден Александра Невского, отказался от пожалованных ему других орденов: в 1807 от ордена св. Владимира и в 1808 — от ордена св. апостола Андрея Первозванного и только оставил себе на память рескрипт на орден Андрея Первозванного.
Удостоившись пожалования портрета государя, украшенного бриллиантами, Алексей Андреевич бриллианты возвратил, а самый портрет оставил. Говорят, что будто бы император Александр Павлович пожаловал мать Аракчеева статс-дамою. Алексей Андреевич отказался от этой милости. Государь с неудовольствием сказал: «Ты ничего не хочешь от меня принять!» — «Я доволен благоволением Вашего Императорского Величества, — отвечал Аракчеев, — но умоляю не жаловать родительницу мою статс-дамою; она всю жизнь свою провела в деревне; если явится сюда, то обратит на себя насмешки придворных дам, а для уединённой жизни не имеет надобности в этом украшении». Пересказывая об этом событии приближенным, Алексей Андреевич прибавил: «только однажды в жизни, и именно в сём случае, провинился я против родительницы, скрыв от неё, что государь жаловал её. Она прогневалась бы на меня, узнав, что я лишил её сего отличия» (Словарь достопамятных людей русской земли, изд. 1847).
