В 1801 на престол взошёл император Александр Павлович, с которым Алексей Андреевич хорошо сблизился по службе ещё как с наследником престола.
14 мая 1803 Аракчеев был принят на службу с назначением на прежнее место, то есть инспектором всей артиллерии и командиром лейб-гвардии артиллерийского баталиона.
В 1805 находился при государе в Аустерлицком сражении.
В 1807 произведён в генералы от артиллерии, а 13 января 1808 назначен военным министром; 17 января сделан генерал-инспектором всей пехоты и артиллерии с подчинением ему комиссариатского и провиантского департаментов.
В войну с Швецией принимал деятельное участие, в феврале 1809 он отправился в Або. Там некоторые генералы ввиду приказа государя перенести театр войны на шведский берег выставляли разные затруднения. Много препятствий пришлось претерпеть русским войскам, но Аракчеев энергично действовал.
Во время движения русских войск к Аландским островам в Швеции последовала перемена в правлении: вместо Густава-Адольфа, свергнутого с престола, стал королём Швеции дядя его, герцог Зюдерманландский. Защита Аландских островов была вверена генералу Дебельну, который, узнав о стокгольмском перевороте, вступил в переговоры с командиром русского отряда Кноррингом о заключении перемирия, что и было сделано. Но Аракчеев не одобрил поступка Кнорринга и при свидании с генералом Дебельном сказал последнему, что он прислан от государя «не перемирие делать, а мир».
Последующие действия русских войск были блистательны: Барклай де Толли совершил славный переход через Кваркен, а Шувалов занял Торнео. 5 сентября был подписан русскими и шведскими уполномоченными Фридрихсгамский мир, по которому отошли к России Финляндия, часть Вестерботтена до реки Торнео и Аландские острова.
Во время его управления министерством изданы новые правила и положения по разным частям военной администрации, упрощена и сокращена переписка, учреждены запасные рекрутские депо и учебные батальоны.
Особенным вниманием Аракчеева пользовалась артиллерия: он дал ей новую организацию, принял разные меры для возвышения уровня специального и общего образования офицеров, привёл в порядок и улучшил материальную часть и т. д.; выгодные последствия этих улучшений не замедлили обнаружиться во время войн 1812—1814.
